Dolaskom Zrinskih u Međimurje i prelaskom na protestantizam, u Selnici su bili luterani, dok je znatno više katolika bilo u okolnim selima koja su pripadala župi. Međutim, iz kanoničkih vizitacija (1622 – 1649.) vidljivo je da su i protestanti i katolici dolazili na služenje Svete mise u župnu crkvu Sv. Marka koju je služio katolički svećenik.
Godine 1657. još je 20 protestantskih obitelji živjelo u Selnici. Prema zapisu kanonskih vizitacija pouzdano se zna da je 1660. godine, za vrijeme župnika Ivana Benkovića, postojala već zidana crkva. Većina stanovnika u to su vrijeme bili luterani, a mjesto Vratišinec s drvenom kapelicom Sv. Križa i trgovište Središće s kapelom (crkvom) Sv. Martina pripadali su župi Selnica. Na području župe tada je stanovalo i šest plemića; Martin Lipić, Matija Tutolak, udova Matije Deaka, Juraj Tanodi, udova Đurđakovica i Mihalj Bartomanić.Nakon što je kralj zaplijenio imanja Petra Zrisnkog, župnu crkvu Sv. Marka vizitirao je 12. svibnja 1688. godine kanonik arhiđakon Ivan Zubić. Uz crkvu se nalazio trošni drveni župni dvor. Na području župe tada je živjelo 2532 ljudi.
Početkom 18. stoljeća grof Ivan Čikulin uzima u zakup Međimurje te obnavlja temelje crkve, a drveni pokrov mijenja crijepom. U njegovo je već vrijeme čitavo stanovništvo župe katoličke vjere. Međutim, potres 1738. godine oštećuje obnovljenu crkvu, pa se ona postupno ponovno obnavlja gotovo do kraja stoljeća. U međuvremenu crkva dobiva orgulje s 9 registara (1787.), pobočne oltare Sv. Ane i Sv. Antuna Padovanskog (1793.), a novi drveni župni dvor s gospodarskim zgradama nakon što je 1791. stari izgorio u požaru.
Zanimljiv je podatak da je crkva imala propovjedaonicu, a ni jednu ispovjedaonicu.
Godine 1802. vlastelin, grof Juraj Feštetić upravlja posjedima u Selnici, a svi su seljaci njegovi kmetovi. Župa broji 2116 žitelja. Nakon pripajanja Međimurja Hrvatskoj 1849. godine svi su kmetovi oslobođeni. Godine 1857. izvršen je popis stanovništva po kojem je u samom mjestu Selnici bilo 1 kuća sa 62 stanovnika. Po vjeri su svi bili rimokatolici, a selo je i dalje bilo sjedište župe Sv. Marka.

Razvoj ovog kraja počinje krajem 19 stoljeća (oko 1870.g.) kad se na području Selnice počinje u otvorenim kopovima eksploatirati ugljen. Za naftu, koja je također razvijala ovaj kraj samom činjenicom što je njena eksploatacija zapošljavala ljude, na ovom se području znalo još od 1850. godine. Selničko je naftno polje jedno od najstarijih u svijetu. Dva su nalazišta bila u proizvodnji: Singerovo polje i Rakyev brijeg. Bušotina br. 4 stavljena je u proizvodnju 17. studenoga 1900. Naftu je bušio W. Singer, a ona je bila takve kvalitete da se u neprerađenom obliku mogla koristiti kao pogonsko gorivo za dizel-motore. Transport nafte vršio se u prvo vrijeme cisternama s konjskom zapregom da bi od 1901. do 1904. bio izgrađen prvi naftovod u nas dužine 4 Km, od Selnice do željezničkog kolodvora u Murskom Središću. Proizvodnja nafte u Selnici trajala je do 1952. godine.
Upravo su nalazišta nafte i ugljena razvijala ovaj kraj, pa je u samoj Selnici 1937. godine zabilježeno 428 stanovnika prema popisu tadašnje kraljevine Jugoslavije.